Forskare hittade 55 000 virustyper på ytor i världens städer

Nästan 55 000 olika RNA-virus har kartlagts i stadsmiljöer runt om i världen och de allra flesta har aldrig beskrivits tidigare. Kartläggningen bygger på prover från ledstänger, biljettautomater, sittplatser och luft i kollektivtrafik och sjukhusmiljöer. Stockholms tunnelbana finns med i materialet, med prover tagna redan 2016. Resultaten publicerades i Nature Communications och beskriver det forskarna kallar stadens RNA-virom.

Att det är virus vi aldrig sett förut låter alarmerande. Det är det i regel inte. Den absoluta merparten av virus i en stadsmiljö infekterar bakterier, svampar, insekter eller växter, inte människor. Det nya är att vi nu har en referensram att jämföra mot.

Varje stad bär en egen molekylär signatur

Det mest slående fyndet handlar inte om enskilda virus utan om mönstret. Städer skiljer sig åt mikrobiellt på ett sätt som är förvånansvärt stabilt över tid. Stockholm, New York och Tokyo har olika sammansättning av mikroorganismer på sina ytor och skillnaderna är tillräckligt tydliga för att en provbit från en skosula ska kunna kopplas till rätt stad med runt 90 procents säkerhet.

Christopher Mason, som är verksam vid bland annat Karolinska Institutet, har varit drivande i den här forskningsgrenen sedan de första proverna togs i New Yorks tunnelbana. Kartläggningen omfattar ett sextiotal städer på fem kontinenter, med svenskt deltagande från Stockholms universitet och Sveriges lantbruksuniversitet.

I praktiken betyder det att stadens mikrobiella profil fungerar ungefär som en pollenanalys. Den säger inte vem du är men den säger var du har varit.

De tre provtyperna avslöjar olika saker om en stad

De tre huvudsakliga provtyperna ger olika sorts information och det är värt att hålla isär dem. Ytprover säger något om vad som passerat en plats, luftprover om vad som cirkulerar nu och avloppsprover om vad som faktiskt finns i befolkningen.

Skillnaden mellan detektion och smittsamhet är den viktigaste raden i tabellen. Sekvensering hittar genetiskt material. Det materialet kan komma från ett intakt virus, från en död partikel eller från ett fragment som legat kvar i veckor. Ett positivt fynd på en ledstång betyder inte att ledstången smittar.

Antibiotikaresistens är det fynd som borde oroa mest

Resistensgener var utbredda i de kartlagda miljöerna. Det är inte samma sak som att kollektivtrafiken sprider resistenta bakterier men det bekräftar att resistensgener rör sig fritt mellan miljöer som vi gärna tänker oss som separata. Sjukhuset, avloppet, tunnelbanan och jordbruket hänger ihop.

WHO räknar antibiotikaresistens som ett av de största hoten mot global hälsa och det påverkar direkt möjligheten att nå delmålen om hälsa i Agenda 2030. Kejsarsnitt, cancerbehandling och höftledsoperationer förutsätter fungerande antibiotika. Kartläggningar av det här slaget ger något som saknats länge, en baslinje för hur resistensgener faktiskt fördelar sig geografiskt.

Siffrorna säger en sak, verkligheten en annan. Att veta att gener för resistens finns på en biljettautomat i Stockholm förändrar ingenting i sig. Det som räknas är om övervakningen kopplas till förskrivningsmönster och till åtgärder inom vård och djurhållning.

Avloppsövervakning fångar smitta i Sverige redan i dag

Avloppsövervakning är den tillämpning som redan är i drift i Sverige. Under pandemiåren följde flera svenska kommuner covid-19 via avloppsprover och metoden har sedan dess använts för influensa och RS-virus. Fördelen är att den fångar smitta även när människor slutar testa sig, vilket de alltid gör när ett utbrott dragit ut på tiden.

Karolinska Universitetslaboratoriet publicerar löpande epidemiologiska rapporter för luftvägspatogener och gastroenterivirus, baserade på prover som analyserats i den kliniska verksamheten. Det är det etablerade systemet. Miljöövervakning av det slag som den globala kartläggningen representerar kompletterar det men ersätter det inte. Kliniska prover säger vem som är sjuk, medan miljöprover säger vad som finns.

Den forensiska tillämpningen är mer spekulativ än rubrikerna antyder. Att med 90 procents säkerhet knyta en skosula till en stad är användbart i ett utredningsskede men det är inte bevisning på DNA-nivå. Det räcker för att avfärda en berättelse, sällan för att fälla någon.

Risken för pendeltågsresenären är oförändrad

Ingenting har blivit farligare för att vi nu kan mäta det. Virusen och bakterierna på ledstången i Stockholms tunnelbana fanns där 2016 när proverna togs och de fanns där långt innan dess. Att vi har fått instrument som ser dem förändrar risken exakt noll.

Det som skyddar mot luftvägssmitta i kollektivtrafik är fortfarande handhygien, ventilation och att stanna hemma vid symtom. Ingen del av den här forskningen pekar mot desinfektionsmedel på handtag eller mot att undvika kollektivtrafik. Att fler åker buss och tåg är dessutom en förutsättning för hållbara städer och den folkhälsovinsten väger tyngre än en teoretisk smittrisk från en ledstång.

Det verkliga värdet ligger på systemnivå. En baslinje över vad som normalt finns i en stads miljö gör det möjligt att upptäcka när något avviker. Det är så tidig varning för nya utbrott behöver byggas och det är en lärdom pandemiberedskapen fortfarande inte har omsatt fullt ut.

FAQ

Är det farligt att röra vid ledstänger i tunnelbanan?

Nej. Fynden av genetiskt material säger ingenting om smittsamhet och de virus som dominerar i stadsmiljöer infekterar inte människor. Vanlig handhygien räcker.

Varför kallas det RNA-virus och inte bara virus?

RNA-virus har sitt arvsmassa i form av RNA i stället för DNA. Gruppen omfattar coronavirus, influensa, RS-virus och norovirus, alltså de flesta virus som orsakar vanliga infektioner hos människor. Just därför har kartläggningen inriktats på dem, även om den absoluta merparten av de 55 000 identifierade typerna infekterar helt andra värdar än oss.

Används avloppsövervakning fortfarande i Sverige?

Ja. Flera svenska kommuner och lärosäten analyserar avloppsvatten för luftvägsvirus och magsjukevirus och metoden har blivit ett komplement till den kliniska provtagningen. Den ger signaler om utbrott innan vårdbelastningen syns, vilket är särskilt värdefullt när testviljan i befolkningen är låg.

Kan mikrobiella profiler användas som bevis i domstol?

Inte som självständig bevisning. Träffsäkerheten på runt 90 procent för att knyta ett prov till rätt stad är tillräcklig för att styra en utredning i en riktning eller utesluta en förklaring men den ligger långt från den säkerhet som krävs för identifiering av en enskild person.